По предложению правления Вятской духовной семинарии и приказу Комиссии духовных училищ Министерства духовных дел и народного просвещения 18 января 1820 г. в Сарапуле было открыто приходское духовное училище.

15 сентября 1821 г. было открыто Сарапульское уездное духовное училище «под общим управлением» с приходским. Оба училища располагались в здании Сарапульского уездного училища (бывшем доме священика Юмина). Таким образом, в одном комплексе располагалось сразу три учебных заведения.
В 1867 году приходское и уездное училища объединены в Сарапульское духовное училище, для подготовки детей духовного сословия Сарапульского, Малмыжского, Елабужского и Глазовского уездов для службы в церковных приходах и для продолжения образования в духовных семинариях. Позднее в училище стали принимать детей купцов, мещан, крестьян.
Под строительство Духовного училища в 1881 г. был приобретен обширный участок на пересечении улиц Троицкой и Сарапульской, отторгнутый за долги у Сарапульского купца Н. И. Разночинцева. Прямоугольный в плане объем под вальмовой кровлей был ориентирован протяженным восточным фасадом по красной линии улицы Троицкой. Стены здания обильно украшены выпусками кирпичной кладки. Фасады расчленены мощным межэтажным поясом с раскреповкой по плоским лопаткам с вертикальными нишами. Углы объемов огибают рустованные лопатки. Особенно эффектно смотрится несколько укрупненный характерный для Сарапула архитектурный мотив — сочетание массивного с богатым декором венчающего карниза с арочными проемами второго этажа. Карниз набран многочисленными рядами городков, язычков, стрельчатых «готических» глухих арок, выпусков и т.д.
В 1882 г. Сарапульское духовное училище переезжает в новое здание эклектичной архитектуры на пересечении улиц Сарапульской и Троицкой (ныне ул. Первомайская, 24).
В 1888 г. остро встал вопрос о расширении каменного корпуса. Территория позволяла произвести расширение вглубь участка, по красной линии улицы Сарапульской.
14 февраля 1889 г. временный строительный комитет в присутствии Епископа Сарапульского Никона, Викария Вятской епархии по пристройкам к главному зданию
1 июня 1894 г. строительным отделением Вятского губернского правления был утвержден проект двухэтажного пристроя к основному зданию Сарапульского Духовного училища.
Отношением № 429 от 24 июня 1894 г. был утвержден измененный проект, разрешен к исполнению. Устроить парадные и черные лестницы из заготовленного природного камня.
Подвальный этаж выложен в 3,5 кирпича, первый этаж в 3 кирпича и второй этаж в 2,5 кирпича. Всего ушло на расширение училища 460 тыс. единиц кирпича.
К концу 1894 г. здание Сарапульского Духовного училища было расширено. Авторами нового крыла здания стали Вятский губернский инженер В. М. Дружинин и Вятский губернский архитектор И. А. Чарушин.
В ходе реконструкции была изменена и внутренняя планировка здания с анфиладной на коридорную. В южной стороне второго этажа, напротив центрального лестничного марша на средства купца А. Т. Шитова была устроена домовая церковь с выходом с одного из учебных классов. Церковь освятили 15 октября 1897 г. в честь Святителя Николая Чудотворца, в память священного коронования Их Императорских Величеств Николая Александровича и Александры Федоровны.
20-23 июня 1904 года Иоанн Кронштадтский по приглашению своего духовного чада – епископа Сарапульского Михея посетил город Сарапул. Широкую известность получила опубликованная его беседа с пастырями в Сарапульском духовном училище.
После событий 1917 года, отделения в 1918 году Церкви от государства и школы от Церкви, помещения были заняты военным комиссариатом, во время Великой Отечественной войны — госпиталем № 3675, сельхозтехникумом, филиалом Удмуртского государственного университета, с 2013 года здание пустовало и в 2018 году возвращено Русской Православной Церкви.
25 сентября 2018 г., Преосвященный Антоний, епископ Сарапульский и Можгинский, торжественно открыл на здании один из тактильных барельефлв проекта «Город на ощупь»: «Сарапульское духовное училище».

Сарапульское духовное училище окончило множество людей посвятивших себя Вере, Царю и Отечеству, в том числе:
Священномученик Мефодий (в миру Михаил Платонович Краснопёров)(1868-1921) — архиерей Русской Православной Церкви, епископ Петропавловский, викарий Омской епархии;
Архиепископ Ювеналий (в миру Иван Кельсиевич Килин (1875-1958) — архиерей Русской Православной Церкви, архиепископ Ижевский и Удмуртский;
Дмитриев Игнатий Дмитриевич (1902-1994) – удмуртский писатель;
Зеленин Дмитрий Константинович (1878 – 1954) – известный русский этнограф, фольклорист, диалектолог, член-корреспондент Академии Наук СССР (1925), академик Болгарской Академии Наук (1946);
Красноперов Иван Маркович (1839 — 1915), статистик, этнограф, журналист;
Успенский Василий Васильевич (1881—1952) — тверской (калининский) врач, уроженец Вятской губернии, прототип врача прооперировавшего и «поставившего на ноги» героя повести Бориса Полевого, молодого летчика Алексея Мересьева;
Трошин Григорий Яковлевич (1874 —1939) — русский невропатолог, психолог, педагог. Под руководством В. М. Бехтерева подготовил диссертацию на степень доктора медицины «О сочетательных системах больших полушарий» (СПб, 1903). В 1906 году Г. Я. Трошин создал по собственному проекту первую в России школу-лечебницу для детей с отклонениями в развитии. В 1922 году один из «пассажиров» «Философского парохода».

Преподавали:
Митрополит Мелетий (Заборовский) (1869— 1946) — Родился в семье священника Тобольской епархии. 1889 — окончил Тобольскую семинарию, иерей. 1891 — овдовел. 1898 — иеромонах. 1899 — окончил КазДА, кандидат богословия, помощник смотрителя Сарапульского духовного училища. 1900 — зав. Бийским миссионерским катехизаторским училищем. 1904 — архимандрит. 1906 — ректор Томской семинарии. 1908 — еп. Барнаульский , викарий Томской епархии . 1912 — еп.Якутский и Вилюйский. 1916 — еп. Забайкальский и Нерчинский. 1920 — еп. Харбинский. 1930 — заграничным Синодом возведен в сан архиепископа Забайкальского и Нерчинского с местопребыванием в Харбине. 1931 — архиеп. Харбинский. 1939 — митр. Харбинский и Манчжурский. 1945 — после прихода Красной армии присоединился к Московской Патриархии, однако вскоре умер от старости.
Миловский Сергей Николаевич (1861–1911) писатель, смотритель Сарапульского духовного училища.